Os cientistas do mal:Neo Córtex e Nitrus Brio,planejam criar um exército de animais mutantes para dominarem o mundo. Apesar dos avisos do Dr.Brio de que a máquina (chamada Vórtice de Córtex) ainda estava incompleta, Córtex ainda quer testá-la em mais um animal (o bandicoot Crash, nosso futuro herói). Como foi previsto, o experimento falhou e Crash não adquiriu a maldade. Crash então foge do castelo, mas deixando sua namorada, Tawna, para trás. Ela também é alterada e aprisionada para observação no castelo de Córtex, e agora cabe a Crash voltar ao castelo, derrotar os cientistas e seus capangas e salvar sua namorada.depois
crash e Tawna fogem voando num urubu, e depois disso, há um epílogo que conta o que aconteceu com cada chefe após a derrota de Córtex, traduzido e transcrito logo abaixo:
Papu Papu: Papu Papu vendeu as ruínas do castelo de Córtex para um construtor de resorts. Ele então utilizou os procedimentos para abrir uma gigantesca loja de souvenirs na ilha. Ripper Roo: Depois de uma intensa terapia e oito anos de uma melhor educação, a Dr. Ripper Roo começou a escrever o renomado livro "Através dos olhos do Vórtice: Um rápido estudo sobre a evolução e suas conseqüências". Coala Kong: Coala Kong se mudou para Hollywood e lá assinou um contrato de cinema de proporções universais. Atualmente ele está trabalhando com um logopedista para melhorar sua dicção. Pinstripe: Pinstripe se mudou para Chicago, onde agora é presidente de uma grande companhia de saneamento. Ele está guardando dinheiro para sua vindoura campanha governamental. Dr. Nitrus Brio: Depois do desaparecimento de seu mentor, o cientista Nitrus Brio redescobriu sua verdadeira vocação: ser garçom. Dr. Neo Cortex: Nunca mais se ouviu falar de Córtex depois que Crash arruinou seus planos... Mas cientistas do mal são mais difíceis de se esmagar que baratas.e seguidamente tawna falou que crash devia malhar e crash respondeu que não queria malhar e tawna disse você ficaria mais bonito crash diz que gosta do jeito que é e tawna terminou com ele!